S-a născut la 11 februarie 1857 în satul Cordun, lângă Roman, unde părinții săi, polonezi de origine, administrau moșia din localitate. A urmat studiile teologice la Innsbruck, unde a fost hirotonit preot la 26 iulie 1881. După un an, la 22 septembrie 1882, s-a întors în Moldova și a lucrat în diferite parohii, dar după înființarea Episcopiei de Iași a fost numit secretar al episcopilor Camilli și Jaquet. În această perioadă s-a remarcat prin intransigența și râvna pe care o manifesta față de respectarea legilor și a disciplinei bisericești. Astfel, a fost "sfetnicul cel mai de seamă" al episcopului Camilli, pe care l-a ajutat în redactarea pastoralelor. Personal, a compus și tipărit Catehismul pentru adulți, Istoria sacră, Călăuza creștinului, Manualul dascălului catolic, iar alte lucrări valoroase au rămas doar în manuscrise. După aprobarea demisiei episcopului Dominic Jaquet (30 iulie 1903) i-a fost încredințată conducerea episcopiei, în calitate de administrator apostolic "ad beneplacitum".
Prin circulara nr. 290, din 7 iunie 1904, părintele Malinovski a făcut cunoscut preoților diecezani obligațiile clericale pe care le-au luat înainte de hirotonire, în special cele privind sistemul de administrare colectivă a bunurilor parohiale. Acest lucru i-a plăcut și episcopului Camilli când a revenit în țară, fapt pentru care l-a numit vicar general, muncind mult la organizarea diecezei. În 1913 părintele Malinovski s-a îmbolnăvit și a plecat în Polonia pentru îngrijire medicală, însă boala i s-a agravat și a murit la Cracovia în ziua de 15 august 1916.